W Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach jest największy klasztor Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia. Mieszka w nim blisko sto sióstr, które na różne sposoby uobecniają miłosierną miłość Boga do człowieka i niosą światu dar orędzia Miłosierdzia przez świadectwo życia, czyny, słowa i modlitwę.

Od początku istnienia łagiewnickiego klasztoru siostry prowadzą „Dom Miłosierdzia” dla dziewcząt potrzebujących moralnego wsparcia, a w nim internat oraz nauczanie szkolne w klasach szkoły podstawowej i gimnazjum, w Liceum Ogólnokształcącym oraz dwóch szkołach branżowych o profilu gastronomicznym i fryzjerskim. Mieści się on w większym skrzydle zabudowań klasztornych i nosi oficjalną nazwę: Młodzieżowy Ośrodek Wychowawczy im. św. Siostry Faustyny.

Od czasu II wojny światowej, gdy kaplica klasztorna stawała się centralnym miejscem kultu Miłosierdzia Bożego, siostry podjęły posługę wobec pielgrzymów, przybywających na uroczyste nabożeństwa ku czci Miłosierdzia, na modlitwę w kaplicy z łaskami słynącym obrazem Jezusa Miłosiernego i do grobu Siostry Faustyny, który początkowo mieścił się na zakonnym cmentarzu, a od 1966 roku w kaplicy klasztornej. Dziś siostry w kilku językach oprowadzają pielgrzymów po Sanktuarium Bożego Miłosierdzia, dzieląc się z nimi darem orędzia Miłosierdzia, z którym święta Faustyna została wysłała do całego świata, służą w zakrystiach, punktach informacyjnych, w „Domu św. Siostry Faustyny” przyjmując na nocleg i karmiąc w restauracji. Z orędziem Miłosierdzia wyjeżdżają do parafii, szkół, więzień, na różne spotkania z ludźmi, którzy chcą usłyszeć słowo Jezusa, wypowiedziane do św. Faustyny dla pokrzepienia serc wszystkich.

Od 1996 roku siostry prowadzą formację podstawową i stałą dla apostołów Bożego Miłosierdzia zrzeszonych w stowarzyszeniu „Faustinum”, do którego należą kapłani, osoby konsekrowane i wierni świeccy, pragnący włączyć się w misję św. Siostry Faustyny pod kierunkiem Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia. Dla nich i dla osób niezrzeszonych w „Faustinum” organizują spotkania apostołów Bożego Miłosierdzia, dni skupienia, rekolekcje nie tylko w Łagiewnikach czy w Polsce, ale także w innych krajach. Formacja jest prowadzona w kilku językach, gdyż do „Faustinum” należą ludzie z prawie 90 krajów świata. W miarę możliwości siostry biorą udział w sympozjach teologicznych, organizują lub współorganizują Międzynarodowe Kongresy Apostołów Bożego Miłosierdzia.

W Krakowie-Łagiewnikach siostry prowadzą także wydawnictwo „Misericordia”, które publikuje różne pozycje upowszechniające orędzie Bożego Miłosierdzia oraz życie i bogactwo duchowe św. Siostry Faustyny. W sposób szczególny skupia się na reprodukcjach łaskami słynącego obrazu Jezusa Miłosiernego i pismach Apostołki Bożego Miłosierdzia, wydając „Dzienniczek” i jej Listy nie tylko w języku polskim, ale też w językach obcych.

Znaczące miejsce w misji niesienia światu orędzia Miłosierdzia zajmują dzieła medialne: kwartalnik „Orędzie Miłosierdzia” wydawany od 1987 roku oraz strona internetowa: www.faustyna.pl w 7 językach z transmisją on-line z kaplicy cudownego obrazu Jezusa Miłosiernego i grobu św. Faustyny, z dziełem Nieustannej Koronki do Miłosierdzia Bożego, w którą każdego dnia włączają się ludzie z wielu krajów świata, i dziełem „Koronki za konających”, dzięki której pomoc modlitewna dla konkretnych, zgłoszonych imiennie umierających, przychodzi bardzo szybko przez połączenia sms-owe i pocztę mailową. Osobnym kanałem w codzienną modlitwę w Godzinie Miłosierdzia i Koronkę do Miłosierdzia Bożego włączają się słuchacze wielu rozgłośni radiowych. Dzięki współpracy ze środkami społecznego przekazu, ludźmi kultury i sztuki, a także portalom społecznościowym, prowadzonym przez siostry na Facebooku, orędzie Miłosierdzia zapisane w „Dzienniczku” św. Siostry Faustyny dociera do milionów ludzi w Polsce i na świecie.

Od czasu przygotowania do Światowych Dni Młodzieży w Krakowie siostry starają się być z ludźmi młodymi, dla których w każdym miesiącu organizują „Łagiewnicką 22”: spotkanie ze słowem o Miłosierdziu, adoracją Jezusa w Najświętszym Sakramencie i przy herbacie, by w różnych przestrzeniach nasycać serca Jego miłosierną miłością.

Trudno wymienić wszystkie zaangażowania apostolskie, ale jedno jest najważniejsze, by w każdym dzielić się tym darem, jaki Zgromadzenie otrzymało w duchowości i misji św. Siostry Faustyny.