Dynamiczny rozwój kultu Miłosierdzia Bożego i ruchu pielgrzymkowego do Sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach po beatyfikacji Siostry Faustyny sprawiły, że metropolita krakowski Franciszek kard. Macharski w 1996 roku powołał Fundację mającą na celu budowę nowej świątyni (5 000 osób) i zaplecza socjalnego dla pielgrzymów. Rok później (7 czerwca 1997) w czasie nawiedzenia łagiewnickiego Sanktuarium Ojciec Święty Jan Paweł II poświęcił kamień węgielny z Golgoty pod budowę kościoła, zobaczył makietę ukazującą perspektywiczny rozwój tego miejsca i złożył na niej swój podpis. 17 sierpnia 2002 roku – w czasie ostatniej pielgrzymki do naszej Ojczyzny – poświęcił nową świątynię i w niej cały świat zawierzył Bożemu Miłosierdziu. Od 6 marca 2003 roku przysługuje jej tytuł bazyliki mniejszej.
Bazylika, zbudowana według projektu Witolda Cęckiewicza, kształtem przypomina okręt i kojarzy się ze współczesną „arką przymierza”, w której znajdują ocalenie wszyscy pokładający nadzieję w miłosierdziu Bożym. W prezbiterium za dużym kamiennym ołtarzem jest tabernakulum w kształcie kuli ziemskiej z zarysowanymi kontynentami, którą otacza targany silnymi wiatrami krzew, symbolizujący współczesny świat czy człowieka motanego różnymi prądami. W ten krzew nad tabernakulum wpisany jest obraz Jezusa Miłosiernego (pędzla Jana Chrząszcza), który przypomina, że w miłosierdziu Boga świat znajdzie pokój, a człowiek szczęście – jak powiedział Ojciec Święty Jan Paweł II. Niektórzy w wystroju prezbiterium widzą raczej symbolikę gorejącego krzewu, z którego Bóg przemówił do Mojżesza; tak jak kiedyś Bóg przemówił do Mojżesza, tak w naszych czasach przemówił przez św. Siostrę Faustynę, przekazując prorockie orędzie Miłosierdzia dla Kościoła i świata.
Na ścianach oddzielających prezbiterium od nawy głównej umieszczono obraz Ostrobramskiej Matki Bożej Miłosierdzia (pędzla Jana Chrząszcza) i po drugiej stronie fragment aktu zawierzenia świata Miłosierdziu Bożemu, którego w tej bazylice dokonał Ojciec Święty Jan Paweł II (17 sierpnia 2002). Przy wejściu do bazyliki znajduje się kamień węgielny z Golgoty, poświęcony przez Ojca Świętego Jana Pawła II, oraz tablica upamiętniająca drugą pielgrzymkę Ojca Świętego Jana Pawła II do Łagiewnik i konsekrację bazyliki (17 sierpnia 2002).
W pionowych przestrzeniach okiennych i nad chórem montowane są witraże. Ten ostatni o powierzchni 148 m2 jest największym witrażem w Krakowie. Przestawia ogromne słońce, na tle którego widać świetlisty krzyż – symbol wiary i najbardziej wymowny znak miłosierdzia Bożego. Poniżej linii horyzontu jest morze, które kolorystycznie harmonizuje z witrażami bocznymi w bazylice, mającymi stwarzać wrażenie wynurzania się z głębin morza. Autorem witraży jest architekt łagiewnickiej bazyliki prof. Witold Cęckiewicz oraz artystka Małgorzata Toborowicz.
W dolnej części bazyliki znajduje się pięć pięknych kaplic, ułożonych promieniście, których wystrój jest darem kościołów z krajów europejskich. Centralnie umiejscowiona jest kaplica pw. Świętej Siostry Faustyny, której wystrój jest darem Episkopatu Włoch (stąd używa się też nazwy: „kaplica włoska”). W kaplicy za ołtarzem znajduje się tabernakulum w kształcie rozwijającego się kwiatu, co nawiązuje do słów Apostołki Bożego Miłosierdzia, mówiących o tym, że miłość Boża jest kwiatem, a miłosierdzie jej owocem (Dz. 949). Nad tabernakulum znajduje się obraz św. Siostry Faustyny z „Dzienniczkiem” pędzla Jana Chrząszcza, wpisany w nastawę ołtarzową w kształcie otwartej księgi. Przed ołtarzem jest cząstka relikwii św. Siostry Faustyny umieszczona w relikwiarzu w kształcie róży. Ołtarz, ambona i podstawa relikwiarza wykonane są z jasnego trawertynu, ściany wyłożone płytami z polskiego piaskowca, posadzka ułożona promieniście nawiązuje do górnej części bazyliki, a w swej wymowie ideowej – do promieni na obrazie Jezusa Miłosiernego, które są symbolem wszelkich łask. Całość kaplicy zwieńczona jest kopułą. Uroczystego poświęcenia tej kaplicy, w setną rocznicę chrztu św. Siostry Faustyny i w dniu ingresu metropolity krakowskiego kard. Stanisława Dziwisza do katedry wawelskiej, 27 sierpnia 2005 roku, dokonał kard. Camillo Ruini, przewodniczący Konferencji Episkopatu Włoch.
Po prawej stronie od wejścia w dolnej
części bazyliki znajduje się kaplica Communio Sanctorum, którą 9 października 2004 roku, w czasie narodowej pielgrzymki Węgrów, poświęcił prymas Węgier kard. Péter Erdó oraz metropolita krakowski kard. Franciszek Macharski. Wystrój tej kaplicy jest darem Kościoła węgierskiego, stąd w popularnym użyciu funkcjonuje nazwa: „kaplica węgierska”. Zdobią ją przepiękne mozaiki na ścianach bocznych, ukazujące ponad 60 świętych i błogosławionych z Węgier, Polski i innych krajów europejskich, którzy zapisali najpiękniejsze karty w historii Kościoła. Kolejnym grupom tych postaci towarzyszy tekst ośmiu błogosławieństw z Kazania na Górze, które stanowią jakby komentarz do ich życia. Pochodowi świętych przewodzi Maryja, Matka Boża. Nad marmurowym ołtarzem znajduje się mozaika Jezusa Miłosiernego ze św. Siostrą Faustyną zasłuchaną w Jego słowa, a w otoku w wielu językach wypisane są słowa: Jezu, ufam Tobie. Przed ołtarzem w relikwiarzu w kształcie prawej ręki złożono cząstkę relikwii św. Stefana, króla Węgier. Autorem projektu wystroju kaplicy i jego wykonawcą jest węgierski artysta, greckokatolicki kapłan László Puskás wraz ze swoją żoną.
Na prawo, obok kaplicy Communio sanctorum, jest kaplica św. Andrzeja Apostoła, która jest darem Kościoła obrządku greckokatolickiego z Polski i Ukrainy. Ikonostas z wizerunkiem św. Andrzeja, patrona Kościoła Wschodniego, jest dziełem ukraińskiego artysty Lubomira Medwida. Ponad to kaplicę zdobi bogata polichromia wykonana w duchu wschodniej tradycji, a zawierająca przesłanie związane z dziejami Kościoła. Kompozycje malarskie Timura Karima i Małgorzaty Dawidiuk ukazują: Sobór Bogurodzicy, Chrzest Rusi (Ukrainy), Święta Trójca Starotestamentowa (Gościnność Abrahama), Chrystus Acheiropoietos (Mandylion, Chusta Abgara) oraz Podwyższenie Krzyża Świętego. Uroczystego poświęcenia kaplicy 24 czerwca w 2007 roku dokonał metropolita przemysko-warszawski abp Jan Martyniak i metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz.
Po lewej stronie od wejścia do dolnej części bazyliki jest kaplica Świętego Krzyża, w wystroju której uczestniczyli wierni z Niemiec, stąd używa się także nazwy „kaplica niemiecka”. W jej prezbiterium uwagę wiernych przyciąga duży krzyż, na którym umieszczono cierniową koronę. Na ścianach widnieją stacje męki Pańskiej. Krzyż i obrazy męki Jezusa najpełniej mówią o miłości miłosiernej Boga do człowieka. W prezbiterium jest figura św. Edyty Stein, patronki Europy.
Po lewej stronie, obok kaplicy Krzyża Świętego, jest kaplica Matki Bożej Siedmiobolesnej, której wystrój jest darem Kościoła słowackiego, dlatego nazywana jest także „kaplicą słowacką”. W jej wystroju według projektu architekta Mariana Sitarčika dominuje piękna Pieta dłuta Jana Lesňáka. Ściany zdobią freski ukazujące siedem boleści Matki Bożej, pędzla Petera Čambála, oraz słowa z „Magnificat” w liturgicznych językach Kościoła w czasach Apostołów Słowian św. Cyryla i Metodego: starocerkiewno-słowiańskim, łacińskim, greckim i hebrajskim oraz w języku słowackim. Za ołtarzem przeszkolona ściana pokryta jest grafiką przedstawiającą złożenie do grobu Pana Jezusa i Jego zmartwychwstanie. Uroczystego poświęcenia kaplicy w czasie narodowej pielgrzymki Słowaków, 19 kwietnia 2008 roku, dokonał przewodniczący Episkopatu Słowacji bp František Tondra, władyka Jan Babjak, arcybiskup greckokatolicki Preszowa, oraz metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz.
Obok bazyliki znajduje się wieża (76 metrów) zwieńczona krzyżem. Na wysokości ponad 40 metrów jest platforma widokowa, z której można oglądać panoramę Krakowa i okolic, a przy dobrej widoczności – nawet Tatry. Można na nią wejść pieszo (315 schodów) lub wyjechać windami. Nad wejściem do wieży znajduje się pomnik Ojca Świętego Jana Pawła II (według projektu Witolda Cęckiewicza), który ukazuje Papieża jako pielgrzyma pokoju (trzymającego w ręku gołębia) i niosącego światu dar orędzia Miłosierdzia. Pomnik odsłonięto 27 maja 2006 roku w czasie pielgrzymki Ojca Świętego Benedykta XVI do łagiewnickiego Sanktuarium.
Przed bazyliką nad murem umieszczono 9 dzwonów carillonów, które wygrywanymi melodiami przypominają o miłosierdziu Boga. Na dzwonach wypisane są imiona: Jezusa, św. Siostry Faustyny, Jana Pawła II i świętych Krakowa: św. Stanisława, św. Jacka, św. Jadwigi, św. Jana Kantego, św. Rafała i św. Brata Alberta. Dzwony poświęcił metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz w Święto Miłosierdzia 2009 roku.
s. M. Elżbieta Siepak ZMBM